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ご由緒
725年、東大寺初代別当である良弁僧正により開かれたと伝わる。その後の平安時代初頭、根本中堂造営のために甲賀を訪れた伝教大師最澄により天台宗の寺院となった。その際、伝教大師は当地・竜法師の集落の人々が疫病に悩まされることを知り、集落の北東に薬師如来像を、南西に地蔵菩薩像をまつり、その地蔵菩薩像が嶺南寺の本尊であるという。現在も竜法師の集落には、伝教大師ゆかりの薬師如来像をまつる薬師堂が残るという。当初は集落に近い場所に伽藍を構えていたが、1723年、落雷による火災で焼失したことから、現在の地に移転した。平安時代末期から鎌倉時代にかけて造立された地蔵菩薩坐像は国の重要文化財に指定されている。また、本堂及び本堂中央の阿弥陀三尊像は2006年に造立された。