藥王院

本堂は、桁行七間・梁間五間の建物。大永7年（1527）6月に以前の本堂が焼失したため、藥王院の外護者であった水戸城主藤原通泰公のもと復興が進み、享禄2年（1529）8月に棟上げ、享禄3年（1530）10月8日に入仏式が行われ、再建された。

天正7年（1579）には江戸重通公による修復が、貞享5年（1688）には水戸藩主・徳川光圀公によって大規模な修復及び改築が施された。徳川光圀公による改修では本堂の向きが南向きから、参道を街道に設ける東向きに変更された。これは、水戸徳川家の権威を暗示する光圀公の思いが示されていると考えられる。

堂内は内陣・中陣・外陣と分かれ、江戸時代までは役職や身分によって位置が決められていたという。現在の姿は、昭和43年に実施された全面解体復元大修理事業により、再建当初の姿に復元されたもの。昭和の大修復以前は禅宗様式の土間敷の建物であった。

藥王院のご本尊は薬師如来坐像。大きな肉髻（にっけい）や丸いお顔などの表現から、11世紀後半から12世紀前半頃に造立されたと考えられている。杉材から頭部と体部を造立している一木造。ご本尊は秘仏であるが、1年に1度、毎年5月に執り行われる薬師如来示現会の際に御開帳される。

ご本尊をおまつりする宮殿の左右には、脇侍である日光菩薩立像と月光菩薩立像が立ち、左右の壁面には不動明王像と毘沙門天像、上方には天女像など極彩色の壁画が描かれている。壁面の不動明王像と毘沙門天像などの壁画は本堂建立当初に描かれたと思われる。

ご本尊がおまつりされる須弥壇上には、十二神将立像が左右にそれぞれ6躯ずつおまつりされている。造立時代は鎌倉時代とも南北朝時代ともいわれ、慶派の仏師たちが造立に携わっていると考えられている。身にまとう鎧に施された彩色は、造立当初に施された部分も多く残されているという。各像ともヒノキ材を用いた寄木造で造立されている。

破損が著しい状態で守り伝えられていたが、本堂大修理事業の後、美術院や西村公朝師をはじめとする東京藝術大学の方々により修復が施され、往時の躍動感のある姿が蘇った。

本堂内に安置される3躯の立像。3躯とも針葉樹の材を用いていると考えられている。3躯のうち2躯には、それぞれ「阿弥陀佛　傳教大師自作　大同三年三月 日」、「無量寿佛　傳教大師自作　大同三年三月 日建立」の墨書が残る。木の節などを残している点が特徴的。平成23年に水戸市の文化財に指定された。

藥王院には、青蓮院門跡の門主によって揮毫された扁額が複数伝えられている。そのうち、後柏原天皇（1464 - 1526）の第五皇子で天台座主などを歴任した尊鎮法親王（1504 - 1550）によって「桓武帝勅願所」、「吉田山藥王院」と揮毫された2枚の扁額が伝えられ、これらは令和7年に水戸市の文化財に指定された。 他にも青蓮院門跡の門主によって揮毫された「薬師堂」の扁額や「瑠璃世界」と揮毫された扁額が伝えられている。 これらの扁額は、藥王院が関東で唯一の青蓮院門跡の直末寺であることから、藥王院に伝えられている。

仁王門は茅葺の寄棟造で建立された建物。左右には阿形と吽形の金剛力士（仁王）立像をおまつりする。藥王院の参道が南向きから東向きに改変された貞享年間(1684～1688)頃に移築されている。

仁王門に安置されている金剛力士立像は、杉材を用いた一木造で造立されているお像。身にまとう衣の表現や筋肉の表現から南北朝時代から室町時代にかけて造立されたと考えられている。

松平亀千代丸は、水戸藩初代藩主である徳川頼房公の長男（徳川光圀公の兄）で、寛永5年（1628)年11月4日にわずか4歳で早逝したと伝えられている。御遺骸は、後に光圀公により水戸徳川家の墓所である瑞龍山に改葬されたため、五輪塔の形式で建てられていた墓塔は境内の地中に埋められたという。昭和46年、境内を整備した際に地中より発見され、復元された。安山岩製。

境内の北側には昭和8年に建立された回向堂が建つ。回向堂は、檀家の皆さんの回向法要を行う場所であり、皆さんの心の拠り所となっている。

回向堂の前には、江戸時代前に建立された四脚門が建つ。四脚門とは、２本の本柱と1本の本柱の前後にそれぞれ1本ずつ、合計4本の控柱から構成される門のことを指す。貞享年間（1684～1687）以降の絵図には確認されているという。